Utilitat Jmol.jar [zip 3MB]

ANÀLISI D'UNA PROTEÏNA
El veritable potencial està en poder analitzar proteïnes extretes de bases de dades a internet (RCSB Protein Data Bank). Per això farem servir l'aplicació Jmol.jar que executarem en el nostre ordinador i ens servirà per obrir i analitzar estructures proteïques baixades de la xarxa. Aquesta utilitat funciona com el visor Jmol, però hi hem afegit un paquet de macros per analitzar proteïnes. Permet fàcilment capturar imatges, a mida, de la proteïna. Per tant serveix per elaborar magnífics informes. Potser per a un futur treball de recerca... qui sap!.

Objectius
- Entrar a les bases de dades d’arxius PDB de proteïnes.
- Utilitzar correctament Jmol.jar (en mode local) i capturar imatges.
- Elaborar un informe que descrigui l’estructura d’una proteïna concreta.

Instruccions inicials (només s'executen un cop)
Instal·lar de Jmol.jar (en local)
Baixeu-vos la utilitat Jmol.jar
És un fitxer comprimit anomenat jmol_local.zip que desareu al vostre ordinador. En descomprimir-lo apareix la carpeta Jmol_local que conté l’executable Jmol.jar i una carpeta anomenada macros.

Cliqueu sobre Jmol.jar per executar-lo. Si funciona s’haurà obert una finestra Jmol. La tancarem, només era una prova de funcionament.

Activar les macros:
- El primer cop que executem Jmol.jar es crea una carpeta anomenada .jmol dins el disc C: en
C:\Documents and Settings\nomusuari\
(nomusuari és el nom amb que hem obert la sessió de windows)
- Hem de copiar la nostra carpeta macros dins C:\Documents and Settings\nomusuari\.jmol

Així, en obrir altre cop Jmol.jar ja tindrà les nostres macros actives. Podeu comprovar-ho.

Instruccions per analitzar una proteïna
El lloc web pot anar canviant i per tant aquestes instruccions poden no funcionar sempre

Baixar l’arxiu PDB de la proteïna que volem analitzar
Primer desem l'arxiu quickref.pdf al disc. És un pdf de 5M, fet de dues pàgines, que conté imatges i els codis d’un mostrari representatiu de la diversitat de formes proteiques.
http://www.pdb.org/pdbstatic/education_discussion/molecule_of_the_month/poster_quickref.pdf
L'obrim i triem el codi d'una proteïna, per exemple, 2ptc (una tripsina)
Entrem a http://www.pdb.org/pdb/home/home.do
Escrivim el codi 2ptc dins la casella de cerca.
    
S’obrirà el document que mostrarà informació seobre la proteïna en qüestió.
Cliquem sobre la icona (download pdb file) i desem l’arxiu 2ptc.pdb al disc.

Us proposo uns exemples, per si no voleu baixar el mostrari,
5pep Pepsin, 1smd Amylase, 1igt Antibody, 2ohx Alcohol Dehydrogenasa
Tot i que us recomano baixar-lo perquè és molt aclaridor i mostra una amplia gama de proteïnes de diversa mida. Hi podreu trobar des d’un Rhinovirus, a l’ATP sintetasa, un Fotosistema, l’actina, una subunitat ribosòmica o un nucleosoma.

Veure la proteïna
Executarem Jmol.jar
Redimensionarem la finestra segons la mida en què vulguem en capturar les imatges.
Arrossegarem l’arxiu pdb dins la finestra Jmol.

Analitzar la proteïna
Activant les diferents macros podreu capturar imatges (amb la “màquina de fotos”) i desar-les com arxius JPEG. Serviran com a complement gràfic del vostre informe. Vegeu alguns exemples,

    

    

    

Què vagi de gust!!