L'estructura d'una molècula pot descriure's, en un arxiu de text, definint la posició de cada àtom i la seva relació amb els àtoms veïns. Podem trobar aquesta mena d'arxius (nomarxiu.PDB o nomarxiu.MOL) fent cerca amb un buscador a internet.

Els visors són programes que interpreten aquest arxius i representen gràficament la molècula. Permeten, a més, interactuar, podem canviar el seu aspecte, moure-la, pendre mesures, identificar els seus àtoms, ...
El visor més popular (i de fet, la mare de tots els visors) fou RASMOL; la versió per a Windows (Raswin) obre una finestra a l'escriptori i en arrossegar-hi un arxiu .MOL o .PDB s'hi veu la molècula.

La interacció es fa a clics de ratolí, les tres accions bàsiques són:
- Arrossegar fent clic amb el botó esquerre: girarem la molècula a voluntad.
- Arrossegar verticalment fent clic amb el boto esquerre mentre premem la tecla [Schift], "la de la fletxa vertical" això activarà el zoom.
- Fer clic amb el botó dret: s'obre un menú que permet modificar les propietats de la molècula.
Com que aquest visor s'ha convertit en un estàndart, aquestes accions també funcionen en la resta de visors.

L'empresa multinacional Elsevier MDL (Molecular Design Ltd) dissenyà CHIME, un visor millorat basat en Rasmol que s'instal·la com un plugin de IExplorer (també pot funcionar en Firefox)i permet visualitzar arxius PDB o MOL amb els navegadors, bé en mode local (disposant de l'arxiu en el propi ordinador), o a través de pàgines web. Això últim és el que ho fà molt interessant ja que el webmaster pot afegir botons al visor que faciliten i potencien la interacció de l'usuari amb la molècula.

Finalment apareix JMOL, una utilitat en codi obert, feta en JAVA, que també segueix l'estàndart de Rasmol i es presenta en dues modalitats:
- Jmol, un applet de Java que funciona en pàgines web a la manera de Chime. Només cal tenir el JAVA instal·lat i habilitat en el navegador.
- Jmol.jar, un programa que s'executa en l'ordinador i obre una finestra a la manera de Rasmol però amb més qualitat gràfica i funcions millorades (fins i tot podem fer servir ulleres 3D per "intentar tocar" les molècules).

Si el que volem és dissenyar o modificar les nostres pròpies molècules l'empresa MDL posa al nostre abast el programa ISIS/Draw. Només cal registrar-se. És gratuït, Però cal tenir paciència per aprendre a fer-lo servir.

Enllaços interessants per a qui vulgui ampliar coneixements
Arxius .PDB | Rasmol | Chime | Documentació sobre Jmol | MDL ISIS/Draw | Última versió de JAVA